Ve Veselí nad Moravou se z pravého břehu řeky Moravy odděluje druhá kopaná část Baťova kanálu. Míjí obec Vnorovy a poté se kříží s řekou Moravou ve stejné úrovni hladin. Dále pokračuje na jih a kříží se opět ve stejné úrovni s říčkou Veličkou, protéká přes město Strážnice a obce Petrov, kde přijímá zleva potok Radějovka a Sudoměřice, kde se nachází výklopník. Poté se Baťův kanál stává státní hranicí mezi Českou republikou a Slovenskem. Posledním důležitým bodem je pak slovenský koncový přístav Skalica. Za ním již Baťův kanál pokračuje korytem Sudoměřického potoka a záhy vrací své vody řece Moravě oproti obci Rohatec. Najdeme několik plavebních komor a mnoho mostů a lávek. Čistota vody je tu solidní.